まだクエストをクリアしていないので行ける場所が増えるかもしれませんがメインストーリーで通った場所の黒宝箱まとめ。
魔瘴調査区画の宝箱
※ストーリー後半にならないと一部入手できません
| 地下1階D1 | 破呪のリング |
| 地下1階D4 | せかいじゅの葉 |
| 地下3階F6 | ギュメイ将軍カード |
| 地下3階F5 | スライダークカード |
| 地下4階C7 | 宵闇のジェル |
アルウェーンの町の宝箱
| B2 | ゲルニック将軍カード |
| D4 | 神秘の銅線 |
| A5 | ロイヤルチャーム |
アルウェーン管理棟
| C6 | 呼び寄せの筆 |
| G2 | めざましリング |
| G6 | ふくびき券×3 |
自然遺産保護区の宝箱
| E4 | 古代樹の化石 |
| C5 | うつろい草 |
| B4 | 紫の錬金石 |
| C3 | 身代わりのコイン |
| E7 | 激震のキバ |
アストルティア博物館の宝箱
| ようせいの霊薬×3 |
| ギュッとケキちゃん |
| 黄金の花びら |
宇宙船・立入禁止区画の宝箱
| 1階C4 | グリーンオーブ×3 |
| 3階B3 | ちいさなメダル×5 |
| 2階D4 | イエローオーブ×3 |
| 3階B2 | ようせいの霊薬×3 |
| 3階H5 | 紫の錬金石×3 |
| 3階D4 | ビーナスのなみだ |